医院污泥根据环境保护总局危险废物分类，属于危险废物的范畴，必须按医疗废物处理要求进行集中(焚烧)处置。医院污泥处理，污泥根据工艺分为化粪池污泥、初沉 污泥、剩余污泥、化学(混凝)沉淀污泥、消化污泥等。医院污水处理过程产生的泥量与原水的悬浮固体及处理工艺有关。
医院医疗废水处理一般采用“调节池—生化处理—沉淀池--二氧化氯消毒”作为主体处理工艺。化粪池出来的废水经过格栅处理大的悬浮固体后流入调节池，在调节池内调节水量和水质，同时还进行厌氧水解，将部分大分子有机物降解微小分子有机酸；经水解后的水流进生物接触氧化池进行生物处理，经生物处理后出水进入沉淀池，沉淀池的水通过水泵提升进入接触消毒池，同时消毒剂与水泵联动进行同步投加，zui后出水达标排放。
污泥消毒，污泥先在消毒池或储泥池中进行消毒，消毒池或储泥池池容不小于处理系统24h产泥量，但不宜小于1m3。储泥池内需采取搅拌措施，以利于污泥加药消毒。石灰投量每升污泥约15g，使污泥pH达11-12，充分搅拌均匀后保持接触30-60min，并存放7天以上。有条件的地区可采用紫外线辐照消毒。
污泥脱水，污泥脱水的目的是降低污泥含水率，脱水过程必须考虑密封和气体处理。污泥脱水宜采用离心脱水机。离心分离前的污泥调质一般采用有机或无机药剂进行化学调质。
污泥处理工艺以污泥消毒和污泥脱水为主。水处理工艺产生的剩余污泥在污泥消毒池内，投加石灰或漂白粉作为消毒剂进行消毒。若污泥量很小，则消毒污泥可排入化粪池进行贮存；污泥量大，则消毒污泥需经脱水后封装外运，作为危险废物进行焚烧处理。
聚丙烯酰胺能用于各种污水处理，但医院里的废水污水不同于生活污水，它的成分是非常复杂的，含有多种药物残渣如消毒剂等等，来自化验、检验、手术各科室的重金属、有机试剂等；还含有多种病菌病毒以及寄生虫卵。它们在环境中具有一定的适应力，有的甚至在污水中存活时间较，若未经处理即排入水体或用于灌溉，将会严重污染环境，影响人民身体健康。医院污水特点还体现在综合污水BOD5/CODcr高，可生化性较强，溶解性CODcr占有很大比例，适合于生物法进行处理。
医疗废水中使用的絮凝剂主要是聚丙烯酰胺和聚合氯化铝。其废水经过消毒后在进行废水沉降等过程。处理原理与其他的废水工艺一样。由于废水中COD含量高，所以要用阳离子聚丙烯酰胺和聚合氯化铝，这样排放的医疗污水才能达到排放标准，不危害环境。
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