消毒剂的选用：
废水经一级或二级处理后，水质改善，细菌含量也大幅度减少，但其绝对值仍很可观，并有存在病原菌的可能。因此，废水排入水体前应进行消毒处理。
目前，用氯化法消毒能产生有害物质，影响人体健康已广为人知，这是因为氯与水中有机物作用，同时有氧化和取代作用，氧化作用可以促使去除有机物，而取代作用则是氯与有机物结合，形成了有致突变或致癌活性的卤化物。美国规定三卤甲烷(THMS)的最大浓度为100μg/L，德国、加拿大、日本也分别规定为25μg/L、350μg/L、100μg/L，我国1985年版《生活饮用水卫生标准》中也规定了氯仿的上限为60μg/L。有鉴于此，废水消毒一是要控制恰当的投剂量，二是采用其他消毒剂代替，如二氧化氯、臭氧、紫外线辐射等，以减少有害物质的生成。
各种消毒剂的优缺点和适用条件见表8--2。参考此表，可以初步确定应该使用的消毒剂。
消毒剂的种类与特点：
常用的消毒剂有次氯酸类、二氧化氯、臭氧、紫外线辐射等。次氯酸类消毒剂有液氯、漂白粉、漂粉精、氯片、次氯酸钠等形态，主要是通过HOCl起消毒作用。次氯酸类消毒剂的弱点是容易和水中的有机物生成氯代烃，而氯代烃已被确认为是对人体健康极为不利的，同时处理过的水会有一些令人不快的气味。次氯酸类消毒剂粉尘和放出的氯气对人的呼吸道、眼睛及皮肤都有强烈的刺激作用，如果不慎溅入眼睛或触及皮肤，要马上用大量清水冲洗。存放环境要阴凉、通风和干燥，远离热源和火种，不能与有机物、酸类及还原剂共储混运，运输过程中要防止雨淋和日光曝晒，装卸时动作要轻，避免碰撞和滚动。
次氯酸类消毒剂消毒时往往发生的是取代反应，这也是使用次氯酸类消毒剂会产生氯代烃的根本原因，而臭氧和二氧化氯消毒时发生的是纯氧化反应，因而可以破坏有机物的结构，在杀菌的同时还可以提高废水的可生化性（BOD5/CODCr值），去除水中的部分CODCr。二氧化氯消毒与臭氧或紫外线消毒相比，前者一次性投资低，运行费用高（大约0.1元/m3）；后者一次性投资高，运行费用低（大约0.02元/m3）。
臭氧消毒和紫外线消毒可以在很短的时间内达到消毒的效果，经过臭氧消毒和紫外线消毒的二沉池出水或回用水细菌总数和总大肠菌群等微生物指标可以达到要求，但他们的缺点是瞬时反应，无法保持效果，抵抗管道内微生物的滋生和繁殖，因此在回用水系统使用这两种方法消毒时，往往需要在其出水中再投加0.05～0.1mg/L二氧化氯或0.3～0.5mg/L的氯，以保持管网末梢有足够的余氯量。
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